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《财政部国家税务总局关于将国家自主创新示范区有关税收试点政策推广到全国范围实施的通知》（财税〔2015〕116号）第三条第一款规定，自2016年1月1日起，全国范围内的中小高新技术企业以未分配利润、盈余公积、资本公积向个人股东转增股本时，个人股东一次缴纳个人所得税确有困难的，可根据实际情况自行制定分期缴税计划，在不超过5个公历年度内（含）分期缴纳，并将有关资料报主管税务机关备案。
《国家税务总局关于股份制企业转增股本和派发红股征免个人所得税的通知》（国税发〔1997〕198号）第二条规定，股份制企业用盈余公积金派发红股属于股息、红利性质的分配，对个人取得的红股数额，应作为个人所得征税。
《国家税务总局关于盈余公积金转增注册资本征收个人所得税问题的批复》（国税函［1998］333号）规定，青岛路邦石油化工有限公司将从税后利润中提取的法定公积金和任意公积金转增注册资本，实际上是该公司将盈余公积金向股东分配了股息、红利，股东再以分得的股息、红利增加注册资本。
从这些文件可以明确，未分配利润、盈余公积转增股本或注册资本，实际上是该公司将未分配利润、盈余公积金向股东分配了股息、红利，股东再以分得的股息、红利增加注册资本。自然人股东应当按“利息、股息、红利所得”项目征收个人所得税。
《国家税务总局关于股份制企业转增股本和派发红股征免个人所得税的通知》（国税发〔1997〕198号）第一条规定，股份制企业用资本公积金转增股本不属于股息、红利性质的分配，对个人取得的转增股本数额，不作为个人所得，不征收个人所得税。
《国家税务总局关于原城市信用社在转制为城市合作银行过程中个人股增值所得应纳个人所得税的批复》（国税函〔1998〕289号）第二条规定，《国家税务总局关于股份制企业转增股本和派发红股征免个人所得税的通知》（国税发〔1997〕198号）中所表述的“资本公积金”是指股份制企业股票溢价发行收入所形成的资本公积金。将此转增股本由个人取得的数额，不作为应税所得征收个人所得税。而与此不相符合的其他资本公积金分配个人所得部分，应当依法征收个人所得税。
《国家税务总局关于进一步加强高收入者个人所得税征收管理的通知》（国税发〔2010〕54号）规定：加强企业转增注册资本和股本管理，对以未分配利润、盈余公积和除股票溢价发行外的其他资本公积转增注册资本和股本的，要按照“利息、股息、红利所得”项目，依据现行政策规定计征个人所得税。
从上述文件终于发现了一个不征税的了，也就是股份制企业股票溢价发行收入所形成的资本公积金转增股本，对个人取得的转增股本数额，不作为应税所得征收个人所得税。除股票溢价外的其他所得没有不征税规定，应当征税。同时有限公司资本溢价转增股本，无免征规定。
总结：实务中，对于留存收益转增股本，一个比较大的争议点是资本公积转增股本，文件规定，股份制企业用资本公积金转增股本不属于股息、红利性质的分配，对个人取得的转增股本数额，不作为个人所得，不征收个人所得税。而对于非股份制企业投资溢价产生的资本公积，部分地区征管中要求缴纳个人所得税，事实上构成了纳税的不公平。
减免税款扣减顺序，源自《财政部 税务总局 人力资源社会保障部 国务院扶贫办关于进一步支持和促进重点群体创业就业有关税收政策的通知》（财税〔2019〕22号，以下简称“22号文件”）的一条规定。该文件明确，毕业年度内高校毕业生等符合条件的重点群体人员，从事个体经营的，自办理个体工商户登记当月起，在3年（36个月）内按每户每年12000元为限额，依次扣减其当年实际应缴纳的增值税、城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加和个人所得税。根据规定，限额标准最高可上浮20％，如执行上浮20％的顶格标准，每户每年可扣减限额为14400元。
前段时间，财政部、税务总局、人力资源社会保障部、国家乡村振兴局联合发布《关于延长部分扶贫税收优惠政策执行期限的公告》（财政部 税务总局 人力资源社会保障部 国家乡村振兴局公告2021年第18号），将22号文件的执行期限延长至2025年12月31日。倘若符合条件的高校毕业生准备从事个体经营，在适用该优惠政策时，务必要牢记扣减顺序，依次扣减其当年实际应缴纳的增值税、城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加和个人所得税，不能颠倒顺序或随意选择顺序进行扣减。
举例来说，山东省某高校毕业生小陈从事个体经营，开办水果店，2020年4月办理个体工商户登记，符合政策规定条件，当地重点群体自主创业优惠扣减限额为14400元。小陈选择按季申报，该地区“六税两费”减按50％征收，假设其第二季度应缴纳增值税10000元，“六税两费”减按50％征收后应纳城市维护建设税350元，教育费附加150元，地方教育附加100元，应预缴经营所得个人所得税3000元。
小陈的水果店2020年实际经营月数为9个月，2020年度最高可扣减税费总额＝年度减免限额÷12×实际经营月数，计算为14400÷12×9＝10800（元）。在第二季度申报纳税时，减免优惠应先从增值税开始扣减，先扣减增值税10000元，再扣减城市维护建设税350元，接着扣减教育费附加150元，然后扣减地方教育附加100元，这样还剩下200元（10800－10000－350－150－100）额度可用于扣减个人所得税。因此，其当季享受减免税优惠后，还应预缴个人所得税2800元。从第三季度开始，由于今年减免扣减限额已经用完，应纳税额不再予以扣减。
实践中，部分纳税人选择在个税年度汇算时一次性扣除减免总额，这样就容易出现扣减顺序错误问题。比如，小刘是一名符合条件的重点群体人员，于2019年1月从事个体经营并办理了个体工商户登记，当地重点群体自主创业优惠扣减限额为14400元，小刘2019年应缴纳的增值税总额为8000元，“六税两费”减按50％征收后应缴纳城市维护建设税280元，教育费附加120元，地方教育附加80元，2019年应缴纳个人所得税20000元。
2020年3月，小刘在进行个税汇算时，发现2019年忘记享受重点群体创业就业税收优惠，因此其直接在个税汇算时将14400元扣除。此时，小刘就出现了扣减顺序错误，需要更改申报表，按照正确的顺序进行扣减，先申请办理退税退还增值税8000元、城市维护建设税280元、教育费附加120元、地方教育附加80元，剩下的5920元（14400－8000－280－120－80）可在个税汇算时扣除。